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提速近10倍 ！基于深度学习 的全基因组选择新方法来了******

　　近日 ，中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据 的高效整合与利用 ，将助力深度学习在全基因组选择中的应用，为智能设计育种及平台构建提供有效工具 。相关研究成果发表在《分子植物（Molecular Plant）》上。

　　全基因组选择作为新一代育种技术，通过构建预测模型，根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择，从而缩短育种世代间隔，加快育种进程 ，节约成本，推动现代育种向精准化和高效化方向发展 。

　　统计模型作为全基因组选择 的核心，极大地影响了全基因组预测的准确度和效率 。传统预测方法基于线性回归模型，难以捕捉基因型和表型间的复杂关系 。

　　相较于传统模型 ，非线性模型（如深度网络神经）具备分析复杂非加性效应 的能力，人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新 的契机，深度学习算法的优化将会提高全基因组选择 的预测能力。

　　该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物 的4种不同维度 的群体数据为测试材料，通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法 。

　　与其他五种主流预测方法相比，该方法有以下优点 ： 可以利用多组学数据开展全基因组预测 ；算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构 ，可以有效降低模型错误率 ，提高运行速度；预测精度稳健 ，在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当，在大规模数据集上预测优势更加明显 ；计算时间与传统方法相近 ，比已有深度学习方法提速近10倍；超参数调整对用户更加友好 。

　　该研究得到了国家重点研发计划 、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目 的支持 。

学术支持

中国农业科学院作物科学研究所

记者

宋雅娟

甘肃安定：冬日马铃薯原原种收获忙******url:https://m.gmw.cn/2022-12/21/content_1303230687.htm,id:1303230687

　　12月20日 ，在定西市安定区香泉镇马铃薯产业园内 ，工人将马铃薯原原种装袋 。

　　寒冬时节 ，甘肃省定西市安定区香泉镇马铃薯产业园内 ，马铃薯原原种喜获丰收，工人们忙着筛拣、装袋 、储存 。该产业园马铃薯原原种采用椰糠基质无土栽培，从移栽马铃薯苗到收获原原种，一般需要100天左右 。

　　近年来 ，有“中国薯都”之称的定西市着力促进马铃薯产业转型升级。马铃薯产业已成为当地农民增收致富 、助推乡村振兴、经济发展的优势主导产业。

　　新华社发（王克贤 摄）

　　12月20日 ，在定西市安定区香泉镇马铃薯产业园内，工人在收获无土栽培 的马铃薯原原种 。

　　寒冬时节，甘肃省定西市安定区香泉镇马铃薯产业园内 ，马铃薯原原种喜获丰收，工人们忙着筛拣 、装袋 、储存。该产业园马铃薯原原种采用椰糠基质无土栽培，从移栽马铃薯苗到收获原原种 ，一般需要100天左右 。

　　近年来 ，有“中国薯都”之称的定西市着力促进马铃薯产业转型升级 。马铃薯产业已成为当地农民增收致富 、助推乡村振兴 、经济发展 的优势主导产业。

　　新华社发（王克贤 摄）

　　12月20日，在定西市安定区香泉镇马铃薯产业园内，工人在收获无土栽培 的马铃薯原原种。

　　寒冬时节 ，甘肃省定西市安定区香泉镇马铃薯产业园内，马铃薯原原种喜获丰收，工人们忙着筛拣、装袋、储存。该产业园马铃薯原原种采用椰糠基质无土栽培，从移栽马铃薯苗到收获原原种 ，一般需要100天左右。

　　近年来 ，有“中国薯都”之称的定西市着力促进马铃薯产业转型升级。马铃薯产业已成为当地农民增收致富、助推乡村振兴、经济发展 的优势主导产业。

　　新华社发（王克贤 摄）

　　12月20日，在定西市安定区香泉镇马铃薯产业园内，工人在筛选马铃薯原原种 。

　　寒冬时节 ，甘肃省定西市安定区香泉镇马铃薯产业园内 ，马铃薯原原种喜获丰收，工人们忙着筛拣、装袋、储存 。该产业园马铃薯原原种采用椰糠基质无土栽培 ，从移栽马铃薯苗到收获原原种，一般需要100天左右 。

　　近年来，有“中国薯都”之称 的定西市着力促进马铃薯产业转型升级 。马铃薯产业已成为当地农民增收致富、助推乡村振兴 、经济发展的优势主导产业 。

　　新华社发（王克贤 摄）

　　12月20日 ，在定西市安定区香泉镇马铃薯产业园内，工人在筛选马铃薯原原种 。

　　寒冬时节，甘肃省定西市安定区香泉镇马铃薯产业园内 ，马铃薯原原种喜获丰收，工人们忙着筛拣 、装袋、储存 。该产业园马铃薯原原种采用椰糠基质无土栽培，从移栽马铃薯苗到收获原原种 ，一般需要100天左右 。

　　近年来，有“中国薯都”之称 的定西市着力促进马铃薯产业转型升级。马铃薯产业已成为当地农民增收致富、助推乡村振兴 、经济发展的优势主导产业。

　　新华社发（王克贤 摄）

　　（文图：赵筱尘 巫邓炎）